Sanatana, fue llevado en Jessore en Bengala del este (actual Bangladesh) adentro 1488 como el más viejo hijo de Mukunda, y sus hermanos más jóvenes eran Santosha (Rupa Goswami) y Srivallabha (Anupama).
En la muerte de su padre, Sanatana fue forzado tomar el poste de Sakara Mallika (tesorero) hasta la regla nueva de Bengala, Alauddin Hussein Shah (gobernado 1493-1519 CE), mientras que dieron su hermano Rupa el poste de Dabir-i-khas (secretaria privada).
Sanatana y Rupa recibieron la tierra del gobierno para su uso personal, donde construyeron un palacio enorme. También construyeron varias mansiones hermosas en Ramakeli. Estaba en Ramakeli en 1510 que Sanatana y sus dos hermanos vieron a Chaitanya Mahaprabhu por primera vez. Después de la reunión Rupa dimitió de su poste, pero la dimisión de Sanatana fue rechazada por el sultán.
Chaitanya Mahaprabhu le dio instrucciones sobre sambandha-jnana (conocimiento de si mismo y de su relación con Dios). Chaitanya enseñó que la identidad constitucional de cada alma es ser sirviente eterno de Dios. Explicó sus enseñanzas a Sanatana resumiéndolas en tres categorías: sambandha (su relación con la deidad), abhidheya (el método para restablecer esa relación), y prayojana (el último logro de la meta suprema de la vida). Después de esto Sanatana visitó Vrindavan, los sitios conectados con los pasatiempos de Krishna.
En Puri Chaitanya Mahaprabhu le dio cuatro instrucciones directas:
1) Escribir la enseñanza de los libros del Bhakti Yoga, el proceso de dedicación a Krishna
2) Descubrir y excavar los lugares dentro de Vrindavan donde Krishna tenía sus pasatiempos
3) Establecer el servicio a la deidad de Krishna en Vrindavana
4) Para compilar un libro que establece el comportamiento apropiado para los devotos de Krishna para crear las fundaciones de una sociedad de Vaishnava.
En Vrindavana, localizó varios lugares santos perdidos. Él también estableció la adoración del deidad de Madana-Mohana, construyendo un templo que más adelante se convirtió en uno de los siete templos principales de Vrindavana.
El samadhi de Sanatana está situado al lado del templo de Madana-Mohana.
Sanatana Goswami escribió cuatro libros importantes:
- Brihat-bhagavtamrita (“El gran néctar de Devotos del Señor”)
- Hari-bhakti-vilasa (“Funcionamiento de la dedicación a Hari”)
- Krishna-lila-stava (“Glorification de los pasatiempos de Krishna”)
- Brihad Vaishnava Toshani (“El que trae gran alegría a los devotos de Krishna”)